V květnu 2004, při příležitosti vstupu České republiky do EU, vyčlenilo Švýcarsko sumu 110 miliard švýcarských franků na podporu České republiky v rámci snížení hospodářských rozdílů mezi krajinami východní a západní Evropy. Hlavními cíly této podpory jsou zvyšování kvality infrastruktury a životního prostředí, zvýšení kvality zdravotní starostlivosti, rozvoj privátního sektoru, výzkum, partnerství měst a obcí a podpora aktivit nestátních neziskových organizací.
Jedním ze schválených projektů v rámci této podpory je i projekt Fond Partnerství. Fond vznikl na podporu bilaterálních vztahů mezi českými a švýcarskými institucemi podobného charakteru (nestátní neziskové organizace, univerzity, města a obce apod.).